行政機構

政治制度

由於朱元璋猜忌好殺，洪武十三年，以宰相胡惟庸謀反伏誅，於是廢去宰相一職，子孫不得復立。秦、漢以降實行一千六百餘年的丞相制 度自此廢除，相權與君權合而為一，明朝皇帝大權獨攬，在世界政治史上明朝的政治體系也屬於罕見的專制政體，這也成為明朝滅亡的一大原因。但由於國家事務繁 多，皇帝無法處理，洪武十五年九月罷四輔官，仿宋殿閣制設內閣。其後的清朝也大多繼承了明朝的政治制度。內閣只為皇帝的顧問，相當於今日總統府祕書長的職 務，奏章的批答為皇帝的專責。內閣大學士一職多以碩德宿儒或朝中大臣擔任，只照皇帝的意旨寫出，稱「傳旨當筆」，權力及地位遠遠不及過去的宰相，只有黑市 地位，而沒有法定地位。宣宗時期，由於楊溥、楊士奇、楊榮等三楊入閣，宣宗批准內閣在奏章上以條旨陳述己見，稱為「票擬」制度，又授予宦官機構司禮監「批 硃」。票擬之法補救可君主不願面見閣臣之弊，但內閣大臣與皇帝溝通，全賴司禮監（宦官）。由是開啟明朝宦官專政之大門。為了加強對全國臣民的監視，明太祖 還設立特務機構錦衣衛，明成祖又設立東廠，明憲宗再設西廠，合稱「廠衛」，由宦官統領，自此明朝宦官之權勢無以復加。

清代史家趙翼曾慨 嘆：「不知主德如此，何以尚能延此百六七十年之天下而不遽失，誠不可解也。」明朝能維持兩百餘年的國祚，與秦、隋兩朝二世而亡，不可同日而語。其關鍵點就 在於皇權的無限擴大，並且特別加強了對統治階級內部各種政治勢力的防範和控制。任何的政治勢力都無法也不可能游離於皇權的控制之外。
主要機構

六部
明朝在中央設置吏、戶、禮、工、刑、兵六部，與前代相比，明朝最初在每部增加尚書侍郎各一。胡惟庸案之後，朱元璋廢丞相之職，取消中書省。六部因此地位得到了提高。每部只設一個尚書，兩個侍郎，原有的各科尚書降為郎中。各部尚書和侍郎的官階也上升。其中以吏部（主管文官升遷）最為重要，戶部人員最多。禮部（主管祭祀大典）與工部（主管公共建設）地位較低。
監察機構
在洪武十三年前，明朝還沿襲元的監察制度，設立御史台，有左右御史大夫各一名。洪武十三年後，朱元璋廢御史台。兩年之後，朱元璋設立新的監察機構—都察院。都察院下面設立監察御史若干人，分巡全國各省，稱為十二道監察御史。每道有監察御史三至五人，範圍大體為一省。但監察御史都駐在京師，有事帶印出巡，事畢回京繳印。到明末，監察御史分為十三道，共有一百一十人。
六科
明朝開始只設了給事中。到洪武廿四年，設都給事中六人，分吏、戶、禮、工、刑、兵六科，每科一人。該制度基本是繼承了唐朝的門下省制度。六科官職品級雖低，然職權很高。他們可以不贊成皇帝的意旨。而該制度也發揮了一定的改善朝政作用。
五寺
五寺包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺。大理寺與刑部和都察院合為三法司，其職權與今日之最高法院相似。大理寺的首長稱為大理寺卿，也是九卿之一。其餘四個寺的卿職權較低。太常寺負責祭祀；太僕寺管理馬匹；光祿寺負責壽宴；鴻臚寺負責接待外賓。
內閣
在廢除丞相制度后，朱元璋親理政務，一度深感疲憊，於是設立四輔制度來輔佐政事。但這項制度效能不彰。洪武十七年後被廢。之後朱元璋請來幾位翰林學士幫忙輔佐，這些翰林學士的官職被命為「XX大學士」。這也就是所謂的內閣機構。
特務機構(秘密警察)
明朝實行嚴密的特務政治。主要的特務機構包括錦衣衛、東廠和西廠，武宗時期還一度設有內行廠。
錦衣衛設立於洪武十五年，直接聽命於皇上，可以逮捕任何人，並進行不公開的審訊。在東廠設立后，錦衣衛權力受到削弱。
東廠成立於永樂十八年，是明成祖為了鎮壓政治上的反對力量而成立。地點位於京師東安門北。東廠的主要職責就是監視政府官員、社會名流、學者等各種政治力量，並有權將監視結果直接向皇帝彙報。依據監視得到的情報，對於那些地位較低的政治反對派，東廠可以直接逮捕、審訊；而對於擔任政府高級官員或者有皇室貴族身分的反對派，東廠在得到皇帝的授權後也能夠對其執行逮捕、審訊。東廠在設立之初，就由宦官擔任提督，後來通常以司禮監秉筆太監中位居第二、第三者擔任。
西廠設立於憲宗時期，首領為汪直。1482年后被廢。其後又被武宗短暫恢復。
內廠設置於武宗時期，首領為宦官劉瑾，劉瑾伏誅後，內廠與西廠同時被廢，僅留東廠。